Tanaka Model プロジェクト - ファイル一覧

生成日時: 2026-06-14

サマリー

4
Python/Notebook (メイン)
7
結果ファイル (xlsx)
4
設定ファイル (yml/json)
3
参考/オリジナル
2
コンパイル済みC
8
アーカイブ (trash)

メインコード

ファイル名 カテゴリ サイズ 説明
tanaka_sim.ipynb
./
 メイン 700 KB メインシミュレーションノートブック。segmentクラス定義と解析を含む
bAP_tanaka_sim.ipynb
./
 メイン 100 KB bAP (back-propagating Action Potential) シミュレーション用ノートブック
excel_output.py
./
 メイン 16 KB Excel出力ユーティリティ
spine_current.py
./
 メイン 8 KB スパイン電流計算モジュール
gekko_test.py
./
 メイン 4 KB GEKKO最適化テストスクリプト

結果ファイル (Excel)

ファイル名 場所 サイズ 更新日
peak decay.xlsx ./ 26 KB 2026-04-04
peak decay Dna.xlsx ./trash/ 10 KB 2025-11-18
peak decay head diam.xlsx ./trash/ 10 KB 2025-12-02
peak decay neck diam.xlsx ./trash/ 11 KB 2025-11-18
peak decay neck length.xlsx ./trash/ 11 KB 2025-11-18
peak decay dendrite diam 0.3 0.4.xlsx ./trash/ 8 KB 2025-12-02
peak decay random test.xlsx ./trash/ 11 KB 2025-11-18

設定ファイル

ファイル名 場所 説明
config.yml ./ アクティブな設定ファイル（ユーザー変更用）
default_config.yml ./ デフォルト/リファレンス設定
docker-compose.yml ./ Docker Compose設定
default_config.yml ./trash/ 旧バージョンの設定（アーカイブ）
config.json ./trash/ 旧JSON形式設定（アーカイブ）
default_config.json ./trash/ 旧JSONデフォルト設定（アーカイブ）
default_config_thick.json ./trash/ 太いスパイン用設定（アーカイブ）

参考・オリジナルファイル

ファイル名 場所 サイズ 説明
tanaka_sim.ipynb ./original/ 45 KB オリジナル版シミュレーションノートブック
simple_ode1_240326.ipynb ./original/ 68 KB シンプルODEテスト（2024-03-26）
simulation240930.py ./original/ 21 KB 旧シミュレーションスクリプト（2024-09-30）

コンパイル済みCファイル

ファイル名 サイズ 説明
lib5cb4dQpttlRRC223.c
./
 523 KB SymPy生成のCコード（シミュレーション高速化用）
libIHyXWgxM6gTk1KmA.c
./
 502 KB SymPy生成のCコード（シミュレーション高速化用）

アーカイブ (trash)

ファイル名 サイズ 更新日 説明
tanaka_sim_neck_length_8.ipynb 583 KB 2026-01-06 ネック長8バリエーション
neck_length_8.md 3 KB 2026-01-06 ネック長8関連メモ
+ 上記Excel/JSON設定ファイル（6件）

データディレクトリ

ディレクトリ 状態
Data/ 空（ファイルなし）

ディレクトリ構造

tanaka_model/
├── tanaka_sim.ipynb          # メインシミュレーション (700KB)
├── bAP_tanaka_sim.ipynb      # bAPシミュレーション (100KB)
├── excel_output.py           # Excel出力ユーティリティ
├── spine_current.py          # スパイン電流計算
├── gekko_test.py             # GEKKO最適化テスト
├── config.yml                # アクティブ設定
├── default_config.yml        # デフォルト設定
├── peak decay.xlsx           # 結果ファイル
├── lib*.c                    # コンパイル用Cコード (2件)
├── Data/                     # (空)
├── docs/
│   ├── worklog.md
│   └── file_inventory.html   # このファイル
├── original/                 # オリジナル/参考ファイル
│   ├── tanaka_sim.ipynb
│   ├── simple_ode1_240326.ipynb
│   └── simulation240930.py
└── trash/                    # アーカイブ
    ├── *.xlsx (6件)
    ├── *.json (3件)
    ├── *.yml (1件)
    ├── *.ipynb (1件)
    └── *.md (1件)