ScanDataNet プロジェクト全体構造

ScanDataNet/ # リポジトリルート (= 現在の ScanDataNet/) │ ├── server/ # ▼ Rust workspace │ ├── Cargo.toml # workspace ルート │ ├── Cargo.lock │ ├── rust-toolchain.toml │ ├── .cargo/ │ │ └── config.toml # clippy::pedantic 等 │ │ │ ├── crates/ │ │ │ │ │ ├── scandata-io/ # 【1】Adapter: ファイル I/O │ │ │ ├── Cargo.toml │ │ │ └── src/ │ │ │ ├── lib.rs │ │ │ ├── error.rs # ScanIoError (enum + thiserror) │ │ │ ├── types.rs # ScanRecord, FluoData, ElecData, SourceFormat │ │ │ ├── reader.rs # ReaderFn 型 + Registry (拡張性の核) │ │ │ ├── common/ # 形式に依存しない純粋関数 │ │ │ │ ├── mod.rs │ │ │ │ ├── frames.rs # subtract_dark_frame, reshape_fortran_3d, axis_transform │ │ │ │ └── channels.rs # split_channels (純粋関数、FluoData には含めない) │ │ │ └── formats/ # 形式別 (新形式はここに追加) │ │ │ ├── mod.rs # 各形式の register() を呼ぶ │ │ │ ├── tsm/ │ │ │ │ ├── mod.rs # ★ pub fn open_tsm_pair (副作用エントリ) │ │ │ │ ├── header.rs # parse_tsm_header (純粋) │ │ │ │ └── tbn.rs # parse_tbn_header, parse_tbn_elec (純粋) │ │ │ ├── da/ │ │ │ │ ├── mod.rs # ★ pub fn open_da │ │ │ │ ├── header.rs # parse_da_header, section_offsets │ │ │ │ └── sections.rs # parse_da_{imaging,elec,dark}_section │ │ │ └── heka/ # Phase L5 以降 │ │ │ └── mod.rs │ │ │ │ │ ├── scandata-domain/ # 【2】Domain: 純粋関数のみ │ │ │ ├── Cargo.toml # tokio / fs を依存に入れない │ │ │ └── src/ │ │ │ ├── lib.rs │ │ │ ├── error.rs │ │ │ ├── types/ # 旧 value_object.py 相当 │ │ │ │ ├── mod.rs │ │ │ │ ├── trace.rs # TraceData │ │ │ │ ├── image.rs # ImageStack, ImageData, FramesData │ │ │ │ ├── text.rs # TextData │ │ │ │ ├── roi.rs # Roi │ │ │ │ └── identifier.rs # ChannelKey, ExperimentId (旧 KeyManager) │ │ │ ├── modifier/ # 旧 modifier.py 相当 │ │ │ │ ├── mod.rs # trait Modifier + apply_chain (fold) │ │ │ │ ├── time_window.rs │ │ │ │ ├── roi.rs │ │ │ │ ├── average.rs │ │ │ │ ├── blcomp.rs │ │ │ │ ├── df_over_f.rs │ │ │ │ ├── normalize.rs │ │ │ │ └── spike.rs │ │ │ ├── analyze/ # 旧 analyze/ 相当 │ │ │ │ ├── mod.rs │ │ │ │ ├── stats.rs │ │ │ │ └── fit.rs # 多項式 / 指数フィット │ │ │ └── experiment.rs # 旧 builder.py の集約ルート │ │ │ │ │ ├── scandata-app/ # 【3】Application: use case (純粋) │ │ │ ├── Cargo.toml # io + domain に依存。tokio に依存しない │ │ │ └── src/ │ │ │ ├── lib.rs │ │ │ ├── error.rs │ │ │ ├── port/ # Hexagonal Port (trait) │ │ │ │ ├── mod.rs │ │ │ │ ├── file_repo.rs # ファイル読み込み抽象 │ │ │ │ └── settings_repo.rs # 設定永続化抽象 │ │ │ └── usecase/ # 旧 controller_*.py の純粋部分 │ │ │ ├── mod.rs │ │ │ ├── open_file.rs │ │ │ ├── add_roi.rs │ │ │ ├── move_roi.rs │ │ │ ├── apply_modifier.rs │ │ │ └── export_csv.rs │ │ │ │ │ ├── scandata-proto/ # 【4】Shared: WS プロトコル (TS と共有) │ │ │ ├── Cargo.toml # serde, schemars (TS 型生成用) │ │ │ └── src/ │ │ │ ├── lib.rs │ │ │ ├── messages.rs # OpenFile, AddRoi, MoveRoi, ApplyModifier... │ │ │ └── events.rs # サーバー → クライアント通知 │ │ │ │ │ ├── scandata-ws/ # 【5】Adapter: WebSocket (副作用) │ │ │ ├── Cargo.toml # axum, tokio, rmp-serde │ │ │ └── src/ │ │ │ ├── main.rs # サーバーエントリポイント │ │ │ ├── handler.rs # WS ハンドラ │ │ │ ├── session.rs # セッション状態 │ │ │ └── codec.rs # MessagePack エンコーダ │ │ │ │ │ ├── scandata-settings/ # 【6】Adapter: 設定永続化 (副作用) │ │ │ ├── Cargo.toml # serde_json, fs │ │ │ └── src/ │ │ │ ├── lib.rs │ │ │ ├── schema.rs # 旧 setting/*.json のスキーマ │ │ │ └── repo.rs # settings_repo trait の実装 │ │ │ │ │ ├── scandata-cli/ # 【7】開発用 CLI │ │ │ ├── Cargo.toml # anyhow, clap │ │ │ └── src/ │ │ │ ├── main.rs │ │ │ └── commands/ │ │ │ ├── mod.rs │ │ │ ├── tsm_info.rs │ │ │ ├── apply_modifier.rs │ │ │ └── export.rs │ │ │ │ │ └── scandata-py/ # 【8】PyO3 ブリッジ (Phase L5 後半) │ │ ├── Cargo.toml # pyo3, numpy, maturin │ │ ├── pyproject.toml # maturin build 設定 │ │ └── src/ │ │ └── lib.rs # scandata-io / domain を Python に公開 │ │ │ ├── benches/ # criterion ベンチマーク │ │ ├── tsm_load.rs │ │ └── modifier_chain.rs │ │ │ └── tests/ # クロスクレート統合テスト │ ├── fixtures/ # ★ tiny テストデータ (Phase L1 で生成) │ │ ├── tiny_4x4x2.tsm # 4×4 ピクセル × 2 フレーム + dark │ │ ├── tiny_4x4x2.tbn # 対応する電気生理 │ │ ├── tiny_4x4x2.da # DA 形式の最小サンプル │ │ └── README.md # どう作ったかの記録 (再生成スクリプトへのリンク) │ └── e2e_open_file.rs │ ├── client/ # ▼ React + TypeScript (モノレポ) │ ├── package.json │ ├── tsconfig.json │ ├── vite.config.ts │ ├── index.html │ │ │ └── src/ │ ├── main.tsx # エントリポイント │ ├── App.tsx │ │ │ ├── proto/ # scandata-proto から自動生成された型 │ │ ├── messages.ts # schemars → typescript で生成 │ │ └── events.ts │ │ │ ├── ws/ # WebSocket クライアント │ │ ├── connection.ts # 接続管理 │ │ ├── client.ts # 型安全な send/recv │ │ └── codec.ts # MessagePack デコーダ │ │ │ ├── state/ # Zustand store │ │ ├── store.ts │ │ └── slices/ │ │ ├── experiment.ts │ │ ├── modifier.ts │ │ └── ui.ts │ │ │ ├── domain/ # FP コア (純粋, readonly) │ │ ├── trace.ts │ │ ├── roi.ts │ │ └── modifier.ts │ │ │ ├── components/ # React コンポーネント │ │ ├── TracePlot/ │ │ │ ├── index.tsx │ │ │ ├── uplot.ts # uPlot wrapper │ │ │ └── style.css │ │ ├── ImageView/ │ │ │ ├── index.tsx │ │ │ └── regl.ts # WebGL renderer │ │ ├── RoiOverlay/ │ │ │ └── index.tsx │ │ ├── ModifierChainPanel/ │ │ ├── FileBrowser/ │ │ └── common/ │ │ ├── Button.tsx │ │ └── Slider.tsx │ │ │ ├── hooks/ # カスタムフック │ │ ├── useWebSocket.ts │ │ ├── useTrace.ts │ │ └── useImageFrame.ts │ │ │ └── utils/ # FP ヘルパ │ ├── pipe.ts │ └── result.ts │ ├── docs/ # ▼ プロジェクトドキュメント │ ├── architecture.md │ ├── learning_log.md # 学習記録 (週次) │ ├── protocol.md # WebSocket プロトコル仕様 │ ├── benchmarks.md │ └── images/ │ ├── scripts/ # ▼ 開発スクリプト │ ├── gen_ts_types.sh # scandata-proto → TS 型生成 │ ├── run_dev.sh # サーバー + フロント同時起動 │ ├── compare_with_python.py # ScanDataPy との数値比較 │ └── make_tiny_fixtures.py # ★ tiny テストデータ生成 (Phase L1) │ ├── tools/ # ▼ 一時ユーティリティ (検証用) │ └── dump_tsm_npy.py # ScanDataPy 側で .npy ダンプ │ ├── deploy/ # ▼ デプロイ (Phase L5 以降) │ └── docker/ │ ├── Dockerfile.server │ └── Dockerfile.client │ ├── .github/ # ▼ CI (Phase L3 以降) │ └── workflows/ │ └── ci.yml │ ├── .gitignore ├── README.md ├── LICENSE ├── LEARNING_WEB_PROJECT_PLAN.md ├── FUNCTIONAL_PROGRAMMING_GUIDELINES.md ├── PHASE_L1_TSM_PARSER.md └── PROJECT_LAYOUT.md # ★ 本ドキュメントの Markdown 版 (将来作成)

# Domain は誰にも依存しない (ndarray, thiserror のみ)
scandata-domain  ────►  (外部 crate のみ)

# Application は io + domain に依存。tokio に依存しない (純粋保持)
scandata-app     ────►  scandata-io, scandata-domain

# 副作用クレートは app と proto を使う
scandata-ws      ────►  scandata-app, scandata-proto, scandata-io  (+ tokio, axum)
scandata-cli     ────►  scandata-app, scandata-io                  (+ clap, anyhow)
scandata-settings────►  scandata-app (port impl)                   (+ serde_json, fs)
scandata-py      ────►  scandata-io, scandata-domain               (+ pyo3, numpy)

# scripts/make_tiny_fixtures.py
import numpy as np
from pathlib import Path

OUT = Path(__file__).parent.parent / "server/tests/fixtures"
OUT.mkdir(parents=True, exist_ok=True)

def make_tsm(num_x=4, num_y=4, num_frames=2, exposure_s=0.01):
    header = (
        f"NAXIS1  = {num_x:>20d}"
        f"NAXIS2  = {num_y:>20d}"
        f"NAXIS3  = {num_frames+1:>20d}"      # +1 for dark
        f"EXPOSURE= {exposure_s:>20.6f}"
    ).ljust(2880, ' ').encode('ascii')
    # 簡単な決定的データ (テストで検証しやすいパターン)
    data = np.arange(num_x * num_y * (num_frames + 1), dtype=np.int16) + 100
    data = data.reshape(num_x, num_y, num_frames + 1, order='F')
    return header + data.tobytes(order='F')

(OUT / "tiny_4x4x2.tsm").write_bytes(make_tsm())
# ... tbn / da も同様

# Tiny test fixtures

これらは小さな決定的テストデータです。再生成する場合:

```
python ../../../scripts/make_tiny_fixtures.py
```

実データとの一致確認は workspace 外の以下を参照:
- ../../220408/20408A001new.tsm  (Phase L1 数値検証用)
- ../../70127A/                  (Phase L1 Stage 3 DA 検証用)