樹状突起スパインの Na/Vm イオン動態シミュレーション解析ノート
論文化に向けた現時点の全結果をまとめた発表スライド (図 73 枚) のテキスト集約。Introduction → モデルと手法 → Na+ kinetics のパラメータ依存性 → 新モデルの予測 (spine neck resistance / 他イオン) → 応用と検証 → 現在の問題。中心結論: DNa が Na+ decay の律速、dendrite 径が振幅比の支配因子、head volume が decay に寄与大。NMDAR の Na+ 寄与は 5.8% 未満。実験 vs シミュレーションの定量比較表を収録。
[TSIM-003] → tanaka-presentation-2026-04-24.htmlObsidian Vault のハブノート「田中さんコラボ」と 43 リンク先 (理論・手法・ミーティング記録・問題点) を一枚に集約。4 区画スパインモデル図・計算フロー図 (濃度→V→GHK→更新)・spine neck resistance 2 手法の比較・2024-10〜2026-04 のミーティングタイムラインを図解。PNP/GHK 理論、未解決/解決済み事項、拡散係数の文献値、論文の結果セクション構成案を収録。
[TSIM-002] → tanaka-collab-overview.html58 run のシミュレーションデータベースから、Na 濃度と膜電位の振幅・ピーク到達時間・半減衰時間が 8 条件軸 (Head 径 / Neck 径 / Neck 長 / Dendrite 径 / 保持電位 / Mg 濃度 / Na 拡散係数 / モデル種別) でどう変わるかを解析。1 軸感度分析・多変量回帰 (OLS/Lasso/Ridge/VIF/PCA/RandomForest)・敵対的検証を統合。中心結論: Na 動態は拡散+ジオメトリ支配の化学シグナル、Vm 振幅は保持電位+ジオメトリ支配の電気シグナルで駆動因子が分離。図 19 枚 (各軸 Na/Vm + 多変量 3 枚)。
[TSIM-001] → na-vm-kinetics-conditions.html