計画段階だった記述を実装済みの事実へ更新。SwitchBot・Withings・AI解説をすべて「実装済み」に、AI解説はCloudflare AI Gateway中継ではなくAnthropic Messages / OpenAI Chat CompletionsをWorkerから直接呼び出す実装（キーはWorker Secret、モデル許可リスト、接続テスト、送信は相関統計のみ・頭痛最大/起床からの経過時間を追加）へ書き換え。新規節として「収集アーキテクチャ」（オンデマンド同期＋毎時Cron・SwitchBotに履歴APIがない前提・2段階ロード・10秒タイムアウト/502・Open-Meteo Forecast単一オリジンの間欠無応答の実測知見）を追加し、inline SVG図を2枚追加（計3枚）。Open-Meteoの7日バックフィル窓とウォームアップ非保存（pressure_change_24h消失バグ修正）も追記。
現在実装済みのOpen-Meteo Forecast / Historical / Geocodingの実URL、取得するsurface pressure・2m気温・2m相対湿度、Worker側の日次平均と24時間気圧変化を整理。今後利用するSwitchBot API v1.1、Withings OAuth・睡眠・体重、Cloudflare AI Gateway経由のClaude/OpenAI APIも、認証・秘密管理・実装順とともに図解した。AIには生データを送らず、症状記録直前24時間をWorkerで解析した結果だけを送る境界を明記。
KLayoutの平面図でWNとAPが重なって見える理由を、実物断面との対応から説明。WNはPMOSのN型ボディ、APはP+型ソース／ドレインであり、同じ物の二重配置ではないこと、N-wellタップをVDDへ接続する理由、cont_n・cont_p・cont_gの確認方法、DRC再実行の流れをinline SVG図3枚で整理した。
新トピック semiconductor を追加。MOSFET をゲート電圧で開閉するスイッチとして説明し、NMOS（High でオン＝プルダウン）／PMOS（Low でオン＝プルアップ）の対比、CMOS インバータの相補構造を図解。核心は「定常状態では必ず片方がオフ → VDD–GND 間に貫通電流がなく静的電力ほぼゼロ」。動的電力 P=α·C·VDD²·f、短絡電流・リーク電流の内訳、抵抗負荷型 NMOS ロジックとの対比を inline SVG 図 5 枚で整理した。半導体設計（EDA）学習の基礎トラック。
Policy詳細を再確認し、Include selectorがAll authenticated usersではなくEmailsで、本人のGoogleメールアドレス1件に限定済みであることを反映。実際のメールアドレスとPolicy IDは掲載していない。
Workers BuildsのGitHub接続、D1 databaseとbinding、Custom Domain、Google IdPとZero Trust Accessを再現・点検できる手順として追加。WorkersのDomainsとAccessのDestinationsが別設定である点、無効なworkers.devへ戻ったcallback障害とcustom domain一本化による修正、検証結果と保守判断をinline SVG図4枚で整理した。
FastAPI / SQLiteからTypeScript / Hono / Cloudflare Workers / D1への移行を追加。AccessからWorker、D1、Open-Meteo、日次集計、React UI / CSVまでの処理、database_id差替えによるローカルSQLiteの分離、無効なworkers.devへ戻ったAccess callbackとcustom domain一本化による修正、現在のセキュリティ境界をinline SVG図4枚で整理した。
新トピック codex-modes を追加。Claude-First のレビューモードと Codex-Primary のメインモード、明示的な切替トリガー、/handoff-codex から docs/handoff.md を経由する引き継ぎ、ファイル変更や push の承認境界を inline SVG 図 3 枚で整理した。
トップページ（index.html / theme-cyan.html / theme-red.html の 3 同期）の AI / Tools カテゴリにあった「Claude スキル」カードを「実作スキル」（自作スキルの設計・呼び出し方）に改称。これとは別に、自作スキル＋組み込み／プラグイン提供スキルを網羅した「使える全スキル一覧」カード（リンク先 claude-skills/all-skills.html, バッジ CSK-ALL）を新規追加し、性格の違う 2 つの導線を独立させた。
これまで各カードの「→ 解説を開く」ボタンを押さないとリンクが効かなかったが、タイトル文字列（h3）自体もリンク化し、タイトル全体がクリック領域になるようにした。見た目は維持（色継承、ホバー時のみ下線）。対象は papers/index.html の 2 カード（PAP-001, PAP-002）と Tanaka_sim/index.html の 6 カード（TSIM-001〜004 ほか）。他トピックの index は既にタイトルが a 要素で、もしくはカード内に対応する内部 HTML リンクが無いため対象外。
claude-skills カテゴリに all-skills.html を追加。~/.claude/skills/ 配下のユーザースキル 34 個（worklog / obsidian / grilling / tdd / writing-* など）と、Claude Code 本体・プラグインが提供する組み込みスキル（code-review / deep-research / loop / schedule / claude-api など）を分野別に整理。/grill-with-docs・/to-prd・/to-issues・/tdd の役割と生成物、grill-* 系でよくある間違い 8 項目を併録。スキルは progressive disclosure で起動時には description のみが読み込まれ、本文 SKILL.md は呼び出し時に初めてロードされる点も明示。既存 claude-skills/index.html から本ページへの導線リンクを追加。
新トピック loop-engineering を新設し LE-001 を追加。Claude Code で 1 issue を回す内側パイプライン（/grill-with-docs → PRD → ISSUES → worktree 並列 → テストレビュー → /goal → PR → 人間承認）、ループの 4 層スタック（L1 エージェント / L2 検証 / L3 オーケストレーション / L4 ヒルクライミング）、3 層ランタイム（Tier A 端末 / Tier B プラットフォーム / Tier C 軽量）と stateful/stateless cron の対比、Addy Osmani の「5+1」部品マッピング、自作すべき .claude 構成（test-review スキル・freeze-tests フック・implementer/verifier サブエージェント・orchestrator・open-pr・STATE.md・trace ログ）、コスト/安全のデフォルト値、容赦ない注意点（comprehension debt 等）。inline SVG 図 3 枚（内側パイプライン / 4 重同心ループ / 3 層ランタイム）。teal=ループ/自動・amber=人間ゲートの 2 色軸。
新トピック cloudfetch を新設し CF-001 を追加。Android スマホで撮った写真を Google Drive の専用フォルダ経由でローカルへ取り込み、Claude Code (Max) または Antigravity (Google AI Pro) で Vision 解析させる個人用 Python CLI (コマンド名 photofetch) の設計図解。Google Photos Library API が 2025-04 以降 Picker API 経由の手動選択しかできなくなったため Drive 運用に倒した経緯、全体データフロー、OAuth セットアップシーケンス、md5 ベース重複防止 (index.json + ローカル md5 スキャンの 2 段)、Drive vs Photos API 制約比較、Windows / Mac 起動手順、OCR と AI 解析の役割分担 (CLI は EXIF/GPS のみ・解析はサブスク枠の Vision)、設計判断と既知の制約 (Drive createdTime はアップロード日時、認証情報は Git に上げない 等)。inline SVG 図 4 枚 (全体アーキテクチャ / リポジトリ構成 / OAuth シーケンス / md5 重複防止)。
新トピック electronics（電子回路）を新設し ELEC-001 を追加。1 セルのリチウム電池 3.7V から USB 用 5V を作る昇圧チョッパ（ブーストコンバータ）の原理と実用を解説。倍電圧整流（チャージポンプ系）が AC 入力前提で DC にそのまま使えない理由、コイルの磁気エネルギー蓄積（SW ON 相）と逆起電力を Vin に上乗せする昇圧（SW OFF 相）の 2 フェーズ動作、昇圧比 Vout=Vin/(1−D) のボルト秒バランスによる導出と 3.7V→5V に必要な D≈0.26 の計算、MT3608 など既製モジュールの実用上の注意（電流容量・効率/発熱・出力リップル・コイル/ダイオード選定）、コイル方式 vs コンデンサ方式（チャージポンプ）の対比表を収録。inline SVG 図 3 枚（基本構成回路 / SW ON 相の電流経路 / SW OFF 相の電流経路）。
新トピック health-moniter を新設し HM-001 を追加。症状(頭痛・背中, 各 0〜10 または null=unknown)を時刻つきで記録し、記録時刻の気象(気圧・気温・湿度・24h 気圧変化)を Open-Meteo から自動付与して相関を見るローカル Web アプリの仕組みを解説。全体データフロー・3 テーブル ER 図(symptom_log/weather_log/location, 1:1 UNIQUE/CASCADE, N:1)・0 と null(unknown) の区別と解析除外・地名検索とタイムゾーン(地点TZの壁時計として hourly 突合)・24h 気圧差の算出とフォールバック・Pearson/Spearman の除外ルール(dropna・n≥3・非定数)・Excel 全件再生成・開発(Vite プロキシ)/本番(FastAPI 単一プロセス)構成を体系化。inline SVG 図 9 枚。frontend-toolchain(FTC-001)・backend-toolchain(BTC-001) の統合実例として相互リンク。
Tanaka spine simulation に file_inventory.html を追加。tanaka_model リポジトリ内のファイルを調査し、メインコード (5)・結果ファイル xlsx (7)・設定ファイル yml/json (4現行+4旧)・参考/オリジナル (3)・コンパイル済み C (2)・アーカイブ trash (12) の所在と件数を表形式で整理。ディレクトリ構造ツリーも収録。Tanaka_sim/index.html の目次にリンクを追加。
セクション 5（タグ付け技術）を全面改訂。c-Fos-tTA の Tet-Off 分子回路図・Dox オフ窓タイムライン、TRAP の CreER 標識 3 段階図を新規作成（inline SVG 3 枚追加）。TRAP の「光ファイバー不要」という誤解を排し、標識手法とアクチュエーター（ChR2 vs DREADD）の役割を正確に分離して記述。TRAP1→TRAP2 の世代進化、時間窓の比較（48h vs 4〜8h）も整理。二手法の比較表を新設（5.4）。
既存のメモリーエングラムノートに「限界と論争」セクションを追加。5 つの懐疑軸（光刺激解釈の飛躍・c-Fos 偏り・必要性/十分性の循環・細胞 vs シナプス論争・反証可能性の弱さ）を構造化し、提唱側（Tonegawa ら）の反論も両論併記で整理。プレゼン含意として「思考実験」としての誠実な枠づけを明記。inline SVG 1 枚（自然想起 vs 光刺激対比図）。
新トピック neuroscience を新設し NSC-001 を追加。エングラムの 3 基準（持続性・必要性・十分性）、符号化（NMDA→Ca²⁺→CaMKII→IEG→LTP）、固定（シナプス固定・サイレントエングラム・システム固定）、想起（パターン補完）を体系化。タグ付け技術（c-Fos-tTA / TRAP）の時間軸比較を図解。決定的実験 4 本（Liu 2012/Ramirez 2013/Redondo 2014/Ryan 2015）を表で整理。島皮質 CTA エングラムとソノジェネティクス外部ジャック化構想も展開。inline SVG 図 4 枚（アロケーション競争・符号化シーケンス・タグ付けタイムライン・ソノジェネ外部ジャックフロー）。
Tanaka spine simulation に TSIM-004 を追加。analysis_summary.xlsx (66 run) と各 run の analysis.md を、論文草稿 (draftjp1.md)・発表スライド (2026_04_24.pptx)・analysis_report.md と突き合わせ、未記載の知見・草稿の空欄を埋める数値・未解決問題への手がかりを 5 提案として抽出。最重要: スライド最大の未解決問題「dendrite Na+ が実験 40-50% vs sim 10-20%」の不一致は dendrite 径 0.2 µm で実験値とほぼ一致し解消しうる。新規図 3 枚 (空間 Na+ 勾配 / neck DNa 透過閾値 / K⁺・Cl⁻ 共役) を生成・埋め込み。図生成スクリプト plot_opus_report.py を analysis_output に追加。
logic-gates/logic-gates-001.html を public/logic-gates/logic-gates-001.html へ移動し、Cloudflare Access 認証なしで誰でも閲覧可能な一般公開エリアへ昇格。あわせて logic-gates/index.html を削除（トピック index は廃止、public トップから直接リンク）。ルート index.html の「技術」セクションから logic-gates カードを撤去。public/index.html の Contents リストに論理ゲートエントリを追加。
新トピック logic-gates を新設。基本ゲート（NOT/AND/OR）と複合ゲート（NAND/NOR/XOR/XNOR）を MIL 回路記号 SVG・真理値表・ブール式でそれぞれ解説。NAND の万能性（ド・モルガン則による NOT/AND/OR の構成図）、XOR+AND による半加算器の回路図まで図解 10 枚で体系的にまとめた。神経科学・プログラミングの素養がある読者向けにニューロン発火との類比も織り交ぜた。
ルート index.html の「技術」セクションに logic-gates カードを追加。ref-id 凡例に LG プレフィックスを追記。footer の最終更新日を 2026-06-07 に更新。
逆行列 $A^{-1}$ を「線形変換の巻き戻し」として幾何的に図解。連立方程式の一発解法・存在条件（$\det A \neq 0$）・ill-conditioned の意味・Moore–Penrose 擬似逆行列への橋渡しを体系化。神経科学応用として受容野推定（正規方程式）・線形システム同定・最小二乗フィット・線形デコーディング/コネクトーム解析の 4 例を統一的に整理。固有値分解 $e^{Qt}=Ve^{\Lambda t}V^{-1}$ での $V^{-1}$ の役割も接続。
ターミナル系 AI コーディングツール Gemini CLI（Google）と Codex CLI（OpenAI）の主要スラッシュコマンド・キーボードショートカット・CLIフラグ・チップスをまとめた AI セクションの新規チートシート。一次ドラフトを各ツールの公式ドキュメント（google-gemini GitHub / developers.openai.com）で裏取りし、さらに Gemini CLI・Codex CLI 自身に相互レビューさせて 3 者照合で確定。レビュー指摘が公式記載と矛盾した項目は公式を優先した。Claude Code は別途 Claude Code チートシート（INDEX-CCC）を参照する構成。
マルコフ連鎖の遷移確率行列 $P(t)$ を $t=0$ で微分するとなぜ Q 行列が現れるのかを、微分の定義から 3 ステップで丁寧に導出。$P(0)=I$ の代入・右極限 $h \downarrow 0$ の必然性・成分ごとの極限が Q 行列の定義式と一致することを示す。前進方程式 $P'(t)=QP(t)$ および $e^{Qt}$ への橋渡しとして機能する基礎ノート。4 SVG（成分意味図・収束グラフ・論理フロー・展開フロー）付き。
マルコフ連鎖モデルの状態確率 $p(t)$ を観測電流 $I(t)$ へ変換する枠組みを解説。コンダクタンスベクトル $\mathbf{v}$・射影行列 $A_i$・駆動力 $(V-V_\mathrm{rev})$・チャネル数 $N$ の役割を整理し、$I(t) = I(\infty) + \sum b_i e^{-t/\tau_i}$（式28）・係数の行列表現（式29）・成分展開（式30）を段階的に解説。5 SVG で状態遷移・I-V 曲線・電流波形分解・行列積フロー・全体変換フローを図解。
$e^{Qt}$ が「なぜ定義できるか・収束するか・微分できるか」を根拠づける数学的基盤を解説。$M_n(\mathbb{C})$ の構造・行列ノルムの劣乗法性・バナッハ代数の完備性・マクローリン展開の絶対収束・コンパクト集合 $[0,T]$ 上の一様絶対収束という 5 段階の論理連鎖を、関数解析未学習の神経科学研究者向けに整理。4 SVG で構造・直感・対比・フローを可視化。
固有値の定義 Qv=λv から det(Q−λI)=0 の意味を段階的に分解し、2 状態モデル (Closed ⇌ Open) の手計算を完全展開。λ₁=0（定常分布）と λ₂=−(α+β)（減衰モード）から時定数 τ=1/|λ| を導く流れを、4 枚の SVG 図（幾何学的直感・行列式の可視化・手順フロー・指数減衰グラフ）で図解。numpy による数値計算も収録。
単一チャネル記録の dwell time データから Q 行列を最尤推定する枠組みを解説。尤度関数 $L(Q) = \prod f_O(t_O^{(k)}) \cdot f_C(t_C^{(k)})$ の構成・Open/Closed ブロック行列 $Q_{OO}, Q_{CC}$ の構造・対数尤度の最大化・Baum-Welch（EM アルゴリズム）・scaling-and-squaring 法による $e^{Q_{AA} t}$ の数値計算・推定後の固有値解析まで一貫して解説。尤度関数とブロック行列の SVG 図、推定フロー図を収録。
public/ 配下に神経科学トピックを新設し2ページを作成。[PUBLIC-001] 行列指数関数 $e^{Qt}$ と Q 行列（Kolmogorov 方程式・マクローリン展開・ノルム・バナッハ代数・コンパクト集合上の一様絶対収束・対角化・2状態完全計算を収録）と、イオンチャネルの状態遷移（2状態モデル・遷移速度定数・複数状態拡張・Q行列導入）の2ページ。public/index.html に神経科学セクションのリンクを追加。
assets/style.css の CSS 変数を Dark Blue Gray 2（ディープシー・ブルー #32495f / カーム・グレー #889291 / クラウディ・スカイ #bdc6ca）に更新。本文色を #111111、ミュート色を #555555 に変更して文字を黒系に統一。リンク・h2 ボーダー色を #1a4f8a（濃い青）に変更。
images/ フォルダの配色パターン見本画像（27 枚）から各配色の和名・HEX・キャッチコピーを読み取り、それぞれを当てた UI テストページを color-samples/ 配下に生成。ヒーロー・カラーバランス帯・スウォッチ・ボタン/バッジ/カードのデモを統一テンプレートで確認できる。claude-html-project index に CHP-003 としてリンクを追加。
従来のテスト用 index.html をヒーロー＋紹介構成のランディングページに作り直し。blue sample.jpg の 3 色パレット（アーミー・ブルー #101841 / クーリッシュ・ブルー #70acce / モルディブ・ブルー #144da0）をベースに、濃紺グラデーション背景・ドットパターン装飾・カラーバランス帯・レスポンシブ対応を実装。noindex メタタグは維持。
Q 行列と P(t) 行列の「速度と位置」アナロジー解説ブロックを図3直後に追加。「Q=速度・P=位置」対応の正しい部分と、「等速直線ではなく指数緩和になる理由（変化率が P 自身に比例）」の注意点を対比表で整理。より正確な力学系アナロジー（速度場 vs フローマップ、A↔Q・e^{At}↔P(t)）と次元整合性の確認も収録。
従来サイト全体に掛けていた Google ログイン認証はそのまま維持しつつ、/public/ 配下のみ Cloudflare Access の Bypass + Everyone ポリシーで認証なし公開できるようにした。Cloudflare Access の「パスが長い方を優先」する仕様を利用し、/public/ は誰でも・それ以外は本人のみを両立。検索エンジン対策として各ページに noindex メタタグと robots.txt を設置。
P(t) 行列の成分の意味（行=出発点・列=到達点）・確率行列としての 4 性質（非負・行和 1・P(0)=I・半群性）・Q 行列との対比表（速度 vs 確率・行和 0 vs 行和 1）・2 状態モデル解析解と平衡分布収束を整理したノート。4 SVG（状態遷移図・グリッド行和可視化・Q-P 対比図・時間変化グラフ）と確信度ラベル付き。
claude_memory を独立カテゴリ「ツール / ログ分析」から「AI」セクションへ移動し、分析レポートと使い方ガイドを claude_memory 配下に入れ子で配置。「ツール / ログ分析」セクションは廃止。レポート側フッターからも使い方ガイドへ遷移できるようにした。
会話記録から興味・英単語・深掘り度を抽出する自作ツール claude_memory の使い方ガイドを新設し、ルート index.html の「AI」セクションに登録（ref-id 凡例に CMEM を追記）。セットアップ (uv)、LLM 認証 (Max 契約枠の /login 利用・setup-token・ANTHROPIC_API_KEY の優先順位)、コマンド (extract / categorize / render / status)、典型フロー、設計上のポイント (差分の冪等管理・プロンプトインジェクション対策・機密サニタイズ・コスト保護) を収録。
ルート index.html に「AI」セクションを新設し、「Claude スキル」カードから claude-skills トピックへリンク。ref-id 凡例に CSK=claude-skills を追記。
自分で作成した Claude Code スキル（~/.claude/skills/）の一覧ページを新設。obsidian（Obsidian Vault へのクイックノート、エージェント委譲）と worklog（プロジェクトの作業ログを記録・表示・セットアップ。SessionStart フックで起動時自動表示）について、呼び出し方・モード・使用例を記載。
Claude Code (~/.claude/projects) と Gemini CLI のチャット記録から、ユーザーの興味トピック・意味を尋ねた英単語・深掘り度 (3 段階) を抽出して可視化するレポートを新設。初回バックログ 116 セッションを処理し、興味トピック 330 件 (深掘り R3:105 / R2:141 / R1:84)・英単語 36 件を集約。抽出は Claude Agent SDK (Haiku, Max 契約枠) で行い、会話ログを <TRANSCRIPT> タグで隔離してプロンプトインジェクションを防止。差分は SQLite で message UUID を照合し、再実行時は新規分のみ処理する。表・一覧は Jinja2 で決定的に生成し、上限付き並列 (同時 4) で抽出。レポートは本人限定公開。
ルート index.html に「ツール / ログ分析」セクションを新設し、claude_memory カードを登録。会話記録由来の自動生成レポート (本人限定) を格納する方針。
2026-04-24 の田中 + Bill ミーティングで用いた論文用プレゼン (全 37 スライド / 図 73 枚) をテキスト集約した要約ノートを新設。Introduction → PNP/GHK モデルと標準パラメータ → Na+ kinetics のパラメータ依存性 (S7-18) → 新モデルによる予測 (spine neck resistance / イオン更新式 / 他イオン S19-23) → 応用と検証 (average spine, slower DNa で Miyazaki&Ross 2022 に調整, MICrONS, 静止膜電位の影響 S24-29) → 現在の問題と検証テスト (S30-37)。主要定量値: Na+ 振幅 12.3 mM / decay 16.7 ms, Vm 66.7 mV, NMDAR の Na+ 寄与 5.8% 未満, Ca²⁺ 電荷収支計算 (総 NMDAR 経由 Na+ 流入 0.638 mM)。中心結論は DNa が Na+ decay 律速・dendrite 径が振幅比支配・head volume が decay 寄与大・electric drift/neck 径/Mg²⁺ の影響小。実験 vs シミュレーションの定量比較表を収録。
Obsidian Vault のハブノート「田中さんコラボ」と、そこから張られた 43 個のリンク先ノート (理論・手法・ミーティング記録・問題点) を一枚に集約した全体まとめを新設。4 区画スパインモデル図・計算フロー図 (濃度→V (Sejnowski)→GHK→濃度更新)・spine neck resistance 2 手法の比較図 (Nernst-Einstein 静的 73.7 MΩ vs イオン流束積分 123 MΩ) を SVG で図解。Bill / Takuma / 田中とのミーティング記録 (2024-10-27 〜 2026-04-30) を色分けタイムラインで時系列化し、本日 2026-05-30 の記録を追加。PNP/GHK 理論・未解決問題 (R 不一致, dendrite Na 比, rho 二重適用, bAP 再現)・解決済み事項 (NMDA α 式, Vrest -65 mV, Mac/PC 一致)・拡散係数の文献値 (Mondragão-Rose 2016, Miyazaki-Ross 2017)・論文の結果セクション構成案を収録。
ルート index.html に「研究」セクションを新設（「プロジェクト」直下、「論文」の前）。Tanaka spine simulation カードを登録し、ref-id 凡例に TSIM プレフィックスを追記。Tanaka_sim/index.html を INDEX-TSIM として新規作成。樹状突起スパインの Na/Vm イオン動態シミュレーション解析ノートを格納する方針。
樹状突起スパイン (Tanaka 4 区画モデル) のシミュレーション 58 run から、スパインヘッド内ナトリウム濃度と膜電位のトランジェント (振幅・ピーク到達時間・半減衰時間) が 8 条件軸 (Head 径 / Neck 径 / Neck 長 / Dendrite 径 / 保持電位 Vclamp / Mg 濃度 / Na 拡散係数 DNa / モデル種別) でどう変わるかを解析した研究レポートを新設。1 軸感度分析 (OFAT)・多変量解析 (標準化 OLS / Lasso / Ridge / VIF / PCA / RandomForest)・敵対的検証を統合し、各結論に信頼度ラベル (🟢 high / 🟡 medium) を付与。中心結論: Na 動態は「拡散 + ジオメトリ」(DNa・neck 径・head 体積) 支配の化学シグナル、Vm 振幅は「保持電位 + ジオメトリ」(Vclamp・head/dend 径) 支配の電気シグナルで駆動因子が分離。Na_HalfDecay は DNa に強依存 (R²=0.77, 拡散律速)、Vm 時間指標は AMPAR 時定数律速で条件不感。図 19 枚 (各軸 Na/Vm 2 枚 × 8 + 多変量 相関ヒートマップ / 回帰 / PCA)。HalfDecay の NaN は「decay がシミュ時間超過」、conc_only/elec_only は除外シートに隔離済み。
github-actions トピックに GHA-001 の companion ノートを追加。自動化の3タイプ（イベント駆動 / スケジュール駆動 / 連続ループ）を比較し、「24時間稼働するクロード」の正体（headless ループ / Agent SDK / Routines）を解説。7レイヤーの実践ガイド・コスト注意点・サンドボックス必須条件・用途別おすすめ表を図解4枚付きで収録。公式ドキュメント（CLI Reference / Hooks / Agent SDK / Routines）で裏取り済み、確認日 2026-05-29。
github-actions トピックを新設。@claude メンションによる自動起動・認証3系統（ANTHROPIC_API_KEY / CLAUDE_CODE_OAUTH_TOKEN / Bedrock / Vertex）の比較・GitHub OIDC トークンを使った鍵レス AssumeRole/Workload Identity 認証の仕組み・ワークフロー YAML 全文例・Routines との実行環境比較・コスト最適化とセキュリティ注意点を図解8枚付きで解説。出典: code.claude.com/docs/en/github-actions, github.com/anthropics/claude-code-action（確認日 2026-05-29）。
「技術」セクションに GitHub Actions カードを追加。ref-id 凡例に GHA プレフィックスを追記。
起点ニューロン 864691135572530981 (5P-ET) に結合した錐体細胞を入力 / 出力で抽出した実データ例ページを新設。コネクトーム統計サマリ表 (入力パートナー 6,447 / 出力 369 / うち錐体細胞 298 / max_partners=20 で DL 予定 41) と、実際に書き出した 5 ニューロン (target 1 + input 2 + output 2) の詳細表 (細胞型 5P-ET / 4P / 23P / 5P-IT、細胞体座標 μm、target との結合シナプス数・合計サイズ、メッシュ頂点/面数) を掲載。シナプスサイズを強度の代理指標として解説、細胞型ラベル (23P / 4P / 5P-IT / 5P-ET / 5P-NP / 6P-CT / 6P-IT) の対応表、LOD でメッシュ未生成の候補をスキップして次候補を繰り上げる backfill の記録、再現コマンドを併記。データは minnie65_public, materialization v1718。
新モジュール microns_connect.py を反映。起点ニューロンに結合した錐体細胞だけを入力 (前シナプス) / 出力 (後シナプス) で抽出し、aibs_metamodel_celltypes_v661 で錐体細胞 (興奮性 7 種: 23P / 4P / 5P-ET / 5P-IT / 5P-NP / 6P-CT / 6P-IT) に絞り込む流れを SVG 図 (役割と方向 / 処理フロー / Blender Outliner) 付きで解説。synapses_pni_2 約 3.2 億行は server-side フィルタで起点 1 個分しか落とさない点を明記。出力 OBJ は役割ごとにオブジェクト名プレフィックス (input__ / target__ / output__ / both__) + 色 (青 / 黄 / 赤 / 紫) + OBJ グループの 3 重で区別し、付属 blender_organize.py を Blender 内で実行するとコレクションへ自動振り分けされる手順を追加。あわせてプロジェクトパス表記を Programing → Programming に修正、cloud-volume 部分破損 (読み取り専用属性) からの復旧手順をトラブルシューティングに追記。
MICR-001 (フル版) は前提ゼロから書いてあるため情報密度が高すぎる。日常運用では「もう環境は揃っている、いま動かしたいだけ」というケースが大半なので、その用途に絞った簡潔版を別ページとして新設。前提を緑ボックスで明示、ステップは「cd → uv run python microns_DL.py → 対話 5 問に答える → 出力確認」の 4 つだけに圧縮。対話プロンプトの選択肢は「典型的な答え方」だけを表で提示し、normalize は n または g、絶対 i は選ばないのヒントを明記。シナプスクエリ・テスト実行・uv が詰まったときの逃げ道 (.\.venv\Scripts\python.exe 直接) を「おまけ」として 1 行ずつ。詳細が必要な箇所からは MICR-001 へリンク。
「セットアップ」を uv インストール確認 → uv sync → 生成される .venv\ 構造の解説まで段階的に拡張。新節「仮想環境の有効化 / 無効化」を追加し、.\.venv\Scripts\Activate.ps1 による手動 activate、PowerShell 実行ポリシー (Set-ExecutionPolicy -Scope CurrentUser RemoteSigned) で詰まる典型パターンの対処、deactivate での抜け方、.venv 再構築手順を明記。「起動」節は 3 パターン (A: uv run python ... / B: activate 経由 python ... / C: .\.venv\Scripts\python.exe 直接呼び出し) の比較表 + それぞれの使いどころ + パッケージとしてインストールした場合の microns-data コンソールスクリプト経由まで網羅。トラブルシューティング表にも Activate.ps1 拒否 / uv 未インストール / python --version が古い Python を返すケースを追加。
「プロジェクト」セクションに microns-data トピックを新設（claude-html-project 直下）。MICrONS Explorer minnie65 コネクトームから神経メッシュ / シナプス情報を取得する Python ツールキットの使い方ノートを格納。ref-id プレフィックス MICR をルート index.html の凡例に追加（あわせて未掲載だった ML / PAP も追記）。
MICrONS data プロジェクトのリファクタ完了に伴い、起動手順と使い方を 10 セクションで HTML 化。前提環境 / uv sync セットアップ / 環境変数 CAVE_TOKEN 経由のトークン取得・保存 / メッシュダウンローダー起動 (microns_DL.py) / 対話プロンプト 5 ステップ (ID 入力法 / LOD / normalize / scale / scale bar) / normalize モード n/i/g の意味と複数ニューロン時の落とし穴 / 出力 OBJ+MTL の Blender 取り込み手順 / microns_DB.py によるシナプス・細胞体クエリ / unittest 実行 / トラブルシューティング 7 件を表形式で網羅。i モードで複数ニューロンが原点に重なる落とし穴を danger ボックスで明示。
スライド 13 の推移確率定義式がなぜ「いきなり感」を与えるかを解明し、P_ij(t) を読むために必要な前提（S の定義・X(t) の定義）を段階的に整理したノート。「S は確率？」という典型的誤解を FAQ 形式で解消。3 状態モデル遷移図・X(t) サンプルパス・依存ステップ縦フロー等 5 SVG 収録。スライド修正案（1 枚挿入 or 2 行追加）も付属。
新カテゴリ「機械学習 (machine-learning)」を作成。MLE の定義・尤度関数のグラフから出発し、Cross-Entropy = カテゴリカル分布の NLL・MSE = ガウスノイズ仮定の NLL という等価性を数式導出で解説。Softmax + Cross-Entropy の log-sum-exp 形式による導出、MAP = MLE + 事前分布（L2/L1 正則化の統計的解釈）、KL ダイバージェンスとの分解式（CE = KL + データエントロピー）、PyTorch の nn.CrossEntropyLoss の内部動作と数値安定化トリック、VAE の ELBO・正規化フロー・Contrastive Learning (InfoNCE) への橋渡しを収録。SVG 図 5 個（尤度関数形状・DL パイプライン・Softmax×one-hot 内積・MLE/MAP/ベイズ比較・KL 概念図）。
paper-reader エージェントで Miyazaki K, Ross WN (2017) J. Neurosci. 37(41):9964-9976（DOI: 10.1523/JNEUROSCI.1758-17.2017）を神経科学者視点で精読。励起波長 fast-switching CCD imaging による単一スパイン Na/Ca 同時計測の画期的研究。subthreshold EPSP の Na 流入はほぼ全量 AMPAR 経由（CNQX 完全消失、CPP 20% 減のみ、VGSC <3%）、単一 EPSP で頭部 Na 約 5 mM 上昇、t_half 約 16 ms の受動拡散のみで除去 → ネック抵抗 約 92 MΩ（低抵抗仮説支持）。Rose & Konnerth 2001 の「NMDAR 主源」説と Harnett 2012 の「非線形増幅」説に反論。Fig 1-10 を全パネル単位で解説、略語 28 項目、5 式（fura-2 単波長式・拡散方程式・Svoboda の R_N 公式・AMPAR/NMDAR キネティクス）、SVG 2 個（4 区画モデル図・AMPAR vs NMDAR キネティクス図）。PubMed MCP は本セッションで利用許可されなかったため、DOI と PubMed 検索 URL で代替し PMID 未確定の旨を明記。
前回の Fig 解説はテキスト抽出（caption / 本文）のみに依存していたため、視覚情報（散布図のクラスタ形状・Confusion matrix のヒートマップ濃淡・波形のフリッカリング・2D-histogram の差分模様）が抜けていた。今回 pdftoppm -r 200 で PDF を全 16 ページ × 200 DPI PNG に変換し、Read tool の multimodal 画像認識で Fig 1〜8 + Table 1, 2 を視覚的に再確認。各サブパネル解説に 「【画像視覚情報】」 ブロックを追加し、Fig 3C の Confusion matrix で 等価トポロジー族の非対角ブロック構造を明確に視認、Fig 4D の k₂₁ 散布図で NN が観測不能な C-C 遷移を「学習データ中央値」に張り付ける挙動を視覚化、Fig 6C の 2DDiff で worst model が GT と異なる位置にクラスタを形成する様子を確認、Fig 7C で 赤矢印が指す fast gating エピソードを Prediction が完全に欠落させる挙動を視認、等の具体的視覚情報を反映。Fig 7D〜F の解説は前回テキストのみで「散布図」と誤読していたが、実際は Confidence box plot であることを画像で確認し修正。確信度ラベル 🟢 (画像視認) / 🟡 (一部推論) を各サブパネルに付与。
paper-reader エージェントの Fig 解説仕様変更（4 段構造: (a) Legend 要約 → (b) サブパネル個別解説 → (c) 図全体の意味づけ → (d) 神経科学者の批判点）に追従し、PAP-001 の §4 Fig 解説セクションを全面書き直し。Table 1（16 データセット 10 列）・Table 2（7 行ベンチマーク）・Fig 1（A–D, 4 サブパネル）・Fig 2（フローチャート単一）・Fig 3（A–D, 4 サブパネル）・Fig 4（A–D, 4 サブパネル）・Fig 5（A–F, 6 サブパネル）・Fig 6（A–G, 7 サブパネル）・Fig 7（A–G, 7 サブパネル）・Fig 8（A–D, 4 サブパネル）の計 36 サブパネル + 2 表 を独立解説。各サブパネルの軸・色分け・観察対象・解釈・実験条件を個別記述。書誌情報・略語リスト・PubMed リンク・SVG 4 個・関連論文・確信度は既存版を流用。
paper-reader エージェント初回起動。Oikonomou et al. (2024) Communications Chemistry 7:280 を神経科学者視点で精読。2D dwell-time ヒストグラム + Inception-ResNet-V2 改変版 NN で HMM を online 推定する手法を、SNR=2 の低 SNR・遮断周波数超え fast gating・ground truth 不要の goodness-of-fit スコア (V̄_D, V̄_R) を含めて全 Fig 解説。新規カテゴリ「論文」を作成（papers/index.html, INDEX-PAP）。PubMed PMID 39616256 / PMC11608338 / DOI 10.1038/s42004-024-01369-y にリンク。関連論文 4 件（Oikonomou 2023 先行 HPC 版・Richter-Laskowska 2021 mitoBK ML 分類・Almanjahie 2019 deconv HMM・Langthaler 2022 Kv1.1 system theory）を PubMed elink で取得・収録。4 SVG（COCOC 5-state 状態遷移図・パイプラインフロー・2D dwell-time ヒストグラム模式図・V̄_D/V̄_R 判定基準図）。略語 25 項目・必須 10 セクション完全実装。
paper-reader エージェント初回起動に伴い、ルート index.html に「論文」セクションを新設（「プロジェクト」直下、「技術」の前）。papers/index.html を INDEX-PAP として新規作成。今後、神経科学・パッチクランプ・計算神経分野の論文を 1 論文 = 1 HTML で蓄積していく方針。
メインプレゼン Slide 21 で省略されがちな中間ステップ（$s$ で微分 → $s \to 0$）と可換性 $Q e^{Qt} = e^{Qt} Q$ を独立ノートとして完全展開。前進/後退方程式が同一解 $e^{Qt}$ を持つ根拠のべき級数証明・スライド修正コピーペーストテンプレートを収録。NSM-008/021/022/023 に双方向リンク追加済み。4 SVG（論理連鎖図・$s$ 方向微分イメージ・可換性証明スケッチ・前進後退収束図）。
∂（偏微分記号）・log L(Q)（対数尤度）・θ（パラメータ）・= 0（最大化条件）を 1 つずつ読み解くセクションを追加。「手で解けないから数値最適化が必要」な理由と、勾配降下法・Newton-Raphson 法・EM 法（Baum-Welch）の概観も収録。3 SVG（山の頂上図・偏微分等高線図・勾配降下法ステップ図）を追加し、図の総数は 5 → 8 に増加。
NSM-019 段階⑨「逆問題（パラメータ推定）」の詳細実装ノート。「観測できるのは dwell time 系列、直接観測できないのは Q 行列」という逆問題を MLE で解く手法を前半（やさしい入門: 尤度の視点反転・コイン投げの例・積の形の正当化・log 変換の理由）＋後半（数学者向け厳密版: Colquhoun-Hawkes 形式・行列積尤度・漸近統計理論・数値安定性）の二部構成で解説。NSM-005・NSM-019・NSM-023 の逆リンク追加済み。5 SVG（観測と内部状態の構造図・コイン投げ尤度曲線・dwell time 系列と積の構造・L(Q) パラメータ依存性・log L とスコア関数の最適化条件）。
後退方程式の典型応用として平均到達時間（MFPT）問題を解説するノート。「前進は初期分布ベクトルを固定、後退はゴール状態での境界条件（$h_j=0, j \in G$）を固定」という核心的対比を軸に、$Q_R h_R = -\mathbf{1}$ の直感的導出・3 状態イオンチャネルモデルの数値例（$h_1=2, h_2=1$）・dwell time 統計との接続を 5 SVG で整理。NSM-021（前進側）の姉妹ノート。NSM-005・NSM-021・NSM-008・NSM-019 の関連項目に逆リンク追加。
前進方程式の解 $P(t)=e^{Qt}$ の数学的根拠である「無限級数を項別微分してよい」ことの正当化ノート。バナッハ代数（劣乗法性 $\|AB\| \le \|A\|\|B\|$）・Weierstrass M-test による一様絶対収束・Rudin 7.17 項別微分定理の 3 段論法で完全証明。素人向け（病的な反例・解決の鍵 4 つ）と数学者向け（定理・証明・可換性の証明）の二部構成。5 SVG（収束直感図・リーマン再配列定理・フロー図・バナッハ代数構造図・一様 vs 各点収束対比図）。NSM-011・NSM-008・NSM-019・NSM-021 の関連項目に逆リンク追加。
NSM-008 ステップ④・NSM-019 段階④⑦で登場する前進方程式の数学的内容（Chapman-Kolmogorov からの導出・観測量計算・定常条件 πQ=0・Q の固有値 0 との対応・2 状態モデルの具体計算・p(t)→π 収束の時定数）を 5 SVG・確信度ラベル付きで独立解説。NSM-005（用語整理）の姉妹ノートとして数学的中身を担当。NSM-005・NSM-008・NSM-019 の関連項目に逆リンク追加。
NSM-008 ステップ③・NSM-011 §1 に登場する定義式 Q := lim_{t↓0} (P(t)−I)/t ∈ ℝ^{n×n} の記号 5 種（:= / lim / t↓0 / ∈ / ℝ^{n×n}）を数学初心者向けに読み解く橋渡しノート。微分の直感・2 状態数値例・行和ゼロの確率保存則を 5 SVG で図解。NSM-011・NSM-008 の関連項目に逆リンク追加。やさしい入門シリーズ 4 件目（NSM-016/017/018/020）。
数学者向けプレゼン構成として B 方式パイプライン（マルコフ性 → 半群 → Q 誕生 → Kolmogorov 方程式 → exp(Qt) → 固有値分解 → 観測量 → 逆問題）を中軸に据えた俯瞰メタノート NSM-019 を新規作成。NSM-002（実験家視点の対応版）には数学者向け B 方式への案内リンクを 1 文追記。NSM-008/NSM-011/NSM-014 の 3 ノートに NSM-019 への逆リンクを追加。トピック index に「数学者向け章構成（B 方式パイプライン）」セクションを新設し実験家向け章構成より上位に配置。作成済みノート数を 16 件に更新。
NSM-008 の Step② 「標準性 (Standardness)」を数学なしで解説する橋渡しノート。「連続 = ジャンプしない」の直感・P(t) に連続性が必要な物理的理由・標準性が破れると Q が定義できない理由・6 ステップでの位置づけを 4 SVG で図解。NSM-008 の関連項目に逆リンク追加。
NSM-016 の §2 で突然出てくる「写像」「準同型」「半群準同型」を数式なしで解説する橋渡しノート。自動販売機・翻訳アプリ・log/exp の例えで直感を積み上げ、P(t+s)=P(t)·P(s) が「半群準同型」の正体であることを 4 SVG で図解。NSM-016 の関連項目に逆リンク追加。
数学初心者向けに 3 つのアプローチ（しりとり / 時間と群の比較 / 料理のレシピ）で半群を説明する導入セクションを冒頭（§0）に追加。結合律・逆元なし・不可逆性をそれぞれ直感的に説明し、SVG 図 2 枚（メタファー一覧図・逆元なし可視化）と要約表を挿入。§1 以降の数学的定義への橋渡し文も付記。
抽象代数の半群（結合律のみ）・1-パラメータ半群（時間軸から行列空間への準同型）・C₀-半群（関数解析）の 3 層を一本のストーリーで整理した新規ノート。なぜ CTMC が「群」でなく「半群」かを確率行列の非負性から説明。マグマ→半群→モノイド→群の代数構造階層図・写像図・群 vs 半群対比図・C₀-半群包含図・NSM-008 の 6 ステップでの半群性登場図を 5 SVG で図解。NSM-014 / NSM-008 / NSM-001 / NSM-011 の 4 ファイルに双方向リンク追加。
ルート index・changelog・各カテゴリ index（計 7 ファイル）に INDEX-ROOT / INDEX-CHANGELOG / INDEX-NSM 等の参照番号を付与。meta タグ・title プレフィックス・body バッジの 3 形式で埋め込み。assign_ref_ids.py を INDEX 系ホワイトリスト対応に拡張し冪等実行を確認。
AI が参照しやすいよう、カテゴリ別プレフィックス + 3 桁連番（NSM/RUST/PY/PFX/CHP）の参照番号を全ノートに付与。HTML には <meta name="ref-id">・title プレフィックス・body バッジの 3 形式で埋め込み。
「Q が先か exp が先か」というユーザの直感を出発点に、連続時間マルコフ連鎖の遷移行列 P(t) = exp(Qt) が成立するまでの 6 ステップの因果連鎖を整理した新規ノート。当初説明との比較図・スカラーアナロジー（Cauchy 関数方程式の病的解）・Q = P'(0) から exp が出る因果フロー図など 4 SVG。ctmc-deductive-pipeline / matrix-exponential-and-q-matrix / transition-semigroup / ctmc-continuous / markov-origin-of-exponentials / memoryless の 6 ファイルに双方向リンク追加。
スライド「マルコフ性 → Q 行列」の中間に挿入すべき半群構造の論理を整理する新規ノート。遷移確率行列 $P(t)$ の半群性質 $P(t+s)=P(t)P(s)$（Chapman-Kolmogorov 関係式）の証明スケッチ、「指数関数」が 2 種類（A 系統: 滞在時間の指数分布・B 系統: 行列指数 $e^{Qt}$）あって別の論理連鎖を通ることを 2 系統並列の SVG 図で図解。ユーザが感じた「マルコフ性から Q 行列への順序の混乱」を直接解消。PPTX へのスライド挿入案・口頭説明スクリプト（30 秒版・1 分版）付き。why-ctmc / ctmc-definition / markov-origin-of-exponentials / matrix-exponential の 4 ファイルに相互リンク追加。
プレゼンテーション用途（スライド 1 枚で論旨を把握）と参照用途（完全証明の参照）を両立する構成に改訂。スライドサマリは 3 ステップ導出フローの SVG 図と主張・鍵事実をコンパクトにまとめ、30 秒で無記憶性→指数分布の論理が頭に入る密度を目指した。既存の Step 1〜6 の数学的内容はそのまま折りたたみ内に保持。
結論のみの簡略記述を、Cauchy 関数方程式の解の一意性を 6 ステップで完全証明する形式に書き換え。S(t)>0 の背理法、自然数→有理数→実数の段階的構成、Hamel 基底による病的解が単調性で排除される理由の本質的説明、境界条件による符号決定、逆向きの確認（同値の成立）を追加。nsm-012.html を開かずとも証明が本ノート内で完結するよう改訂。
「指数分布が見えたから CTMC を仮定した」という論理の誤解を解消するノート。物理（熱浴の時間スケール分離）・数学（Cauchy 関数方程式の唯一解）・経験（追認）の三層構造を SVG 4 枚で図解。演繹パイプライン (ctmc-deductive-pipeline) の「地盤」レイヤーとして位置づけ。反証可能シナリオ表・参考文献（van Kampen 1992 等）付き。
ctmc-deductive-pipeline 以外の 11 ノートすべてに <h2>参考文献</h2> + .info ブロックを「関連項目」直前に追加。全ノート共通の主要典拠 Colquhoun & Hawkes (1995) に加え、各ノートの内容に対応した個別論文（C&H 1977, 1981, 1982 / Sigworth & Sine 1987 / Magleby & Pallotta 1983 / Colquhoun, Hawkes & Srodzinski 1996）を関連説明付きで収録。macroscopic-current-vs-dwell-time-histogram と laplace-transform-sum-of-exponentials には関連項目セクション自体も新設。
本ノートの 5 段階論理連鎖が Colquhoun & Hawkes "The principles of the stochastic interpretation of ion channel mechanisms" (Sakmann & Neher eds., Single-Channel Recording, 2nd ed., pp. 397–482, Plenum Press, 1995) の Chapter 18 を再構成したものであることを明示。Chapter 18 の 8 段階（2 状態モデル / 指数分布の導出 / マクロ電流との関係 / 複数 shut 状態への拡張 / dwell time 分布の解析 / チャネル数の問題 / 相関の解析 / 確率変数の和の分布）と本ノート 5 段階の対応表、および数学者向けプレゼン用骨格化の簡略化方針を追記。
プレゼン全体を「① CTMC 仮定 → ② 指数分布/指数和減衰 → ③ Q 行列導入 → ④ 固有値・分布・相関の予測 → ⑤ 実験検証」の 5 段階の演繹連鎖として整理したメタノート。たった 1 つの仮定からどう実験検証可能な複数の予測が同時に出てくるかを、各段階の接続のタイプ（数学的必然・モデル化・計算・実験検証）と共に明示。SVG 5 段階フロー図、Step Card 形式、refinement 注釈（時定数の符号・dwell time の混合 vs 畳み込み・同定可能性）、対応表、各段階から個別ノートへの全リンクを完備。プレゼン全体構造の俯瞰用ハブ。
新規 §8「Open と Closed で時間スケールが桁違いに違う」を追加。§8.1 時間スケール比較表 (Open: 1-2 個・数 ms / Closed: 3-5 個・μs〜秒の 4-6 桁)、§8.2 解析手法 (Sigworth-Sine 1987 の log-binning、多指数フィッティング、Magleby-Pallotta 1983 の burst analysis with $t_{\mathrm{crit}}$)、§8.3 数学的対称性 vs 実験的非対称性のフレーミング。Gemini レビュー反映で §8.2 の Sigworth-Sine 縦軸表記を $\sqrt{t} \cdot f_C(t)$ から正しい「log-time pdf $t \cdot f_C(t)$ + 分散安定化 $\sqrt{N_i}$」へ修正。Biophys. J. 52: 1047–1054 を出典明記。
Gemini 独立レビュー（🔴 0件 / 🟡 1件 / 🟢 6件）の指摘を反映。§4.1「Q の代数的性質」(行和 0 ⇒ 固有値 0 を必ず持つ・特異性、Detailed Balance ⇒ 実固有値、cyclic mechanism なら複素固有値可) を追加。Step 5 を 3 つの subsection に拡張: §5.1 Aggregated Markov Process (Colquhoun & Hawkes 1982, Phil. Trans. R. Soc. B 300:1–59) で観測される固有値は $Q$ 全体ではなく block 部分行列 $Q_{OO}, Q_{CC}$ のみであることを明示、§5.2 相関関数を「軽微」から「モデル識別可能性に本質的」に格上げ (Fredkin-Montal-Rice 1985)、§5.3 不感時間 (Dead time) 補正 (HJC theory: Hawkes-Jalali-Colquhoun 1990/1992, Colquhoun-Hawkes-Srodzinski 1996 Phil. Trans. A 354:2555-2590; HJCFIT 実装へのリンク) を追加。引用文献は WebSearch で実在確認済み。
nsm-002.html の完成に伴い、プレゼン全体構成表に「全体」行（プレゼン全体ストーリーの骨格メタノート）を追加。作成済みノート一覧の先頭に★ノートとしてエントリ追加。作成済み件数を 10→11 件に更新。
無記憶性（マルコフ性）の式 $P(T > s+t \mid T > s) = e^{-\lambda t}$ を「確率的に何を意味するか」として初心者が完全に理解できるようにした基礎詳解ノート。生存関数・条件付き確率の時間軸図解・指数法則の独立性解釈・時間原点のリセット図・イオンチャネル状態遷移図・コーシー関数方程式の唯一解条件（連続性/単調性が必要な理由を明示）を SVG 6 枚で段階的に解説。CTMC・dwell time 解析の出発点となる「なぜ指数分布か」への根本的な回答。
nsm-012.html の完成に伴い、ノート番号 2b として §3 基礎ノートカードを追加。nsm-004.html および nsm-010.html に逆リンクを追加。
サイト全体の用語整合性監査を実施。「和 (Erlang)」と「重ね合わせ (mixture)」を全篇で使っていた旧用法を、日本語の自然な読みに合わせて「指数の和 (mixture) = 密度の線形結合 = 並列 = peak なし」「畳み込み (Erlang/hypoexponential) = 確率変数の和 = 直列 = peak あり」へ統一。あわせて §3 §7.5 実データ図の実線・破線説明の swap、Erlang (等レート) と hypoexponential (異レート) の区別徹底、初期分布依存性の明示 ($c_1 + c_2 = 0$ は特殊条件)、Sylvester 公式の $\lambda_1 \ne \lambda_2$ 条件、$P(t)=e^{Qt}$ の可換性根拠の明示、$f_C(t)$ の厳密形の明示、Erlang/hypoexp の重根処理の補正、用語注記ブロックの冒頭追加など多数の数学的精度修正を 11 ファイルに適用。
確率空間・フィルトレーションを用いた CTMC の形式的定義から、マルコフ性・時間均一性・指数滞在時間・有限状態空間の 4 性質を数学者向けに厳密展開。「無記憶性 ↔ 指数分布」の Cauchy 方程式による証明概要、voltage clamp 条件下での時間均一性の根拠、イオンチャネルの状態遷移図との対応を SVG 5 枚で図解。§4a 定義ノートとして予定リストから完成に移行。
§4a CTMC 定義ノートの完成に伴い、予定リストから §4a カードを削除し完成済みセクションに移動。プレゼン構成表 §4 行に定義ノートへのリンクを追加。作成済みノート件数を 9→10 件に更新。
§4 数学パートの中核ノート。Q 行列（生成作用素）の定義・Kolmogorov 前進/後進方程式の導出・解 $e^{Qt}$ のマクローリン展開と各項の確率論的意味（0回・1回・n回遷移の寄与）・前進と後進が同じ解を持つ理由（可換性の証明）・対角化フローを SVG 5 枚で統合解説。§4b q-matrix-generator と §4c matrix-exponential-and-eigenvalues の予定内容を本ノートに吸収。4件の既存ノートへ相互リンクを追加。
§4 メインノート追加に伴い、プレゼン構成表 §4 行にメインノートを主として追加、作成済みノートを 8 件→9 件に更新、予定リストから §4b (q-matrix-generator.html) と §4c (matrix-exponential-and-nsm-028.html) を削除（本ノートに吸収済みとしてコメントを残した）。
$f_C(t) = \boldsymbol{\pi}_C e^{Q_{CC}t}(-Q_{CC}\mathbf{1})$ の対角化から $\sum_k c_k e^{\lambda_k t}$ への分解を式レベルで完全導出。固有値 $\lambda_k$（常に負）と係数 $c_k$（符号不定）の役割の違いを明示し、直列 2 状態（Erlang）・並列 2 状態（mixture）の完全計算で符号パターンを具体化。§3 現象論と §5 数学の対応表を構築。SVG 5 枚。
CTMC の無記憶性から指数滞在時間の必然性、直列構造 → Erlang / 並列構造 → mixture が $Q_{CC}$ の固有値分解から統一的に導出できることを SVG 5 枚で図解。「固有値の個数 = 状態数」「係数の符号 = 並列/直列の判定子」という §3 核心メッセージの数学的正体。§3–§5 統合メタノート。
mixture 分布の数学的根拠（全確率の公式）と和(Erlang)との対称性を整理。ラプラス変換では「積 vs 線形和」、Q 行列のスペクトル分解が mixture を生む機構、部分分数分解の係数の符号が peak の有無を決める理由を SVG 5 枚で図解。§3→§5 をつなぐ補足ノート。
Colquhoun-Hawkes がなぜ片側ラプラス変換を使うのかを解説。片側 vs 両側信号の違い、$s = \sigma + i\omega$ の関係（フーリエはラプラスの虚軸への制限）、畳み込み定理の対比。滞在時間分布・尤度の積分消去にラプラスが必須な理由と、チャネル雑音解析にフーリエが登場する場面を整理。SVG 4 枚。
Hawkes & Colquhoun 本 Section 9.1 の図解。$t_{open}+t_{shut}$ の分布を畳み込み定理で導出。「なぜラプラス変換が必要か」を中心に、peak付き分布の物理的意味と $(sI-Q)^{-1}$ への布石まで。SVG 5 枚。
Resonite のビジュアルスクリプティング Protoflux の学習ノート追加。Slot 操作・アバター部位取得・ノード図解。
既存の散らばっていた学習 HTML を `lunelukkio-site` に集約。フラット構造で整理。
lunelukkio-site をゼロから構築した実施記録。GitHub → Cloudflare Pages → Google ログイン制限の構成図解。
ルート目次・README・共通スタイル (`assets/style.css`)・claude-html-project トピックの最初の HTML を追加。
health-moniter のバックエンド 4 道具を SVG 図解で解説。データフロー全体図、FastAPI の型主導フロー、uvicorn と FastAPI app の関係、init_db の冪等性（CREATE TABLE IF NOT EXISTS）、plotly の Python⇄plotly.js 関係を収録（図 6 枚）。新トピック backend-toolchain/ を作成し、frontend-toolchain と相互リンク。
Node.js / npm / TypeScript / Vite / React の役割と関係性を SVG 図解で解説。層構造図・変換フロー図・ライフサイクル・実プロジェクト構成例（Python バックエンド + React フロントエンド）を収録。